疏水色譜柱采用具有適度疏水性的填料作為固定相，以含鹽的水溶液作為流動(dòng)相。在高濃度鹽溶液中親水性較強(qiáng)的物質(zhì)分子內(nèi)部的疏水基團(tuán)外露，這些疏水基團(tuán)可以與疏水的固定相以疏水作用力相結(jié)合(吸附)。由于不同物質(zhì)與固定相之間的疏水作用力大小不同，可以通過改變極性流動(dòng)相的離子強(qiáng)度(由高到低)來使這些物質(zhì)依次解吸附，從而實(shí)現(xiàn)分離。具體來說，高濃度的鹽液先將吸附力弱(極性大)的物質(zhì)洗脫下來，而低濃度的鹽則使吸附力強(qiáng)(極性小)的物質(zhì)后洗脫下來。對于極性非常強(qiáng)的物質(zhì)，可能需要在流動(dòng)相中添加有機(jī)溶劑以降低其極性，從而使其解吸附，但此時(shí)需注意防止有效成分變性。
疏水色譜柱的結(jié)構(gòu)包括填料、填充率、碳數(shù)、孔徑大小、填充劑密度等關(guān)鍵要素。其中，填料的疏水性質(zhì)主要由碳鏈、芳香族、烷基等疏水基團(tuán)構(gòu)成。填充率越高，疏水作用越強(qiáng)；碳數(shù)越多，水作用也越強(qiáng)；孔徑大小則直接影響分離效果，孔徑越小，分離效果通常越好；而填充劑密度則關(guān)系到柱效的高低，密度越大，柱效越高。
優(yōu)點(diǎn):
分離效果好:能夠高效分離不同性質(zhì)的物質(zhì)。
選擇性強(qiáng):通過調(diào)整流動(dòng)相條件可以精確控制分離過程。
適用范圍廣:可用于多種類型樣品的分離。
操作簡便:自動(dòng)化程度高，易于操作。
柱效穩(wěn)定:在正確使用和維護(hù)下，杜效能夠保持穩(wěn)定，
局限性：
對于水溶性樣品適用性較差。
疏水基團(tuán)易受污染，可能影響分離效果。
可能存在柱壽命較短的問題，特別是當(dāng)處理高濃度或腐蝕性樣品時(shí)。
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